安徽农业大学机关党委是校党委领导下的负责学校机关党的建设和思想政治工作的二级党组织机构。源于2020年8月学校机构改革，由原机关第一、二、三党总支、新农村发展研究院党总支、后勤集团党总支、农业园管理中心直属党支部等6个二级党组织合并组建而成。

机关党委原辖28个机关部门和校直单位。2023年10月-12月，学校先后设立了中共安徽农业大学乡村振兴学院总支部委员会、中共安徽农业大学总务部委员会。机构调整后，机关党委下辖22个机关部门和校直单位，党支部数35个（含10个退休党支部），共有党员353名。2024年1月，党委组织部、党校与机关党委合署办公，机构职能相应合并。目前设机关党委书记（兼组织部副部长）1名，机关纪委书记（兼组织部副部长）1名，机关党委秘书1名。

机关党委在校党委领导下，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入宣传贯彻落实党和国家的路线方针政策及学校党委的决议，严格落实党建主体责任，以立德树人为根本，围绕学校中心，服务发展大局，引领机关党员和干部职工的思想和行动，按照机关党的建设的要求，以党的政治建设为统领，以党支部建设为重点，以打造“学习型、服务型、创新型、效能型”机关为目标，牵头抓总，积极推进机关党的建设和作风建设，充分发挥机关党委各党支部的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，团结和带领机关全体党员和干部职工，务实进取，开拓创新，以高质量党建促进机关工作高效率运行，努力创建与地方特色高水平农业大学相适应的一流机关党委，为学校改革发展和事业建设提供坚强的组织保证。